Dalam rangka menjalankan program Pencegahan dan Pemberantasan Penyalahgunaan dan Perdaran Gelap Narkotika (P4GN), dan dalam rangka melaksanakan amanat Undang-Undang No. 35 tahun 2009 tentang Narkotika, BNN Kota Tegal secara resmi telah beroperasi sejak 01 September 2015.

Sejalan dengan subtansi Peraturan Kepala BNN RI No.05 tahun 2015 yang merupakan perubahan atas peraturan Kepala BNN No.10 tahun 2014 tentang Pedoman Pembentukan Instansi Vertikal di Lingkungan Badan Narkotika Nasional, terbentuknya BNN Kota Tegal merupakan wujud dari sinergitas/ hubungan yang baik antara BNN RI dengan Pemerintah Daerah Kota Tegal. Sejak awal beroperasinya pada akhir tahun 2015, BNN Kota Tegal berkantor di salah satu ruangan Gedung eks Samsat Kota Tegal Jl.Ki Gede Sebayu di Lingkungan Perkantoran Pemkot Tegal sampai dengan Februari 2016 dengan dikepalai oleh Pejabat Pemkot Tegal Jaka Eka Syaifi,SE hingga Maret 2017, dengan dibantu lima pegawai lain yang juga berasal dari lingkungan Pemerintah Kota Tegal.

Pada masa jabatan Kepala BNN Kota Tegal dipimpin oleh AKBP Drs.Windarto (Maret 2017 – Januari 2019) beberapa pegawai organik BNN Pusat dan BNN tingkat daerah ditempatkan di BNN Kota Tegal untuk mengganti Pegawai Pemkot Tegal yang ditarik kembali dan pensiun pada pertengahan 2016, dan Pegawai Pemkot Tegal yang diperbantukan (DPK) di BNN Kota Tegal hanya tersisa satu orang yaitu Ibu Ir.Amalia Hidayati, MM sebagai Kasi Rehabilitasi hingga sekarang.